81	テレポを使用した時のダンジョン脱出…フィールドに出られる(GB)⇒ダンジョンの入口に戻る仕様になったほか2段構えのダンジョンでは1回の使用で現在いるダンジョンの入口にしか戻れない(DS)。
80	戦利品について、アイテムと肉/ネジは両立しない(GB)⇒アイテムと肉/ネジが両立する(DS)。
79	ドグラ撃破後のフレイヤをギルに預けるタイミング…ステスロスで現代に戻って神殿を出た瞬間(GB)⇒ダームの町にいるギルに話しかけた瞬間(DS)。
78	キャラごとの変身制限…デューンとシリューはエスパーになれず、ポルナレフとミルフィーは人間になれない(GB)⇒デューンとポルナレフは猫系·蛇女系·女ロボ系·翼女系になれず、ミルフィーとシリューはハウンド系·蛇系·男ロボ系·翼竜系になれない(DS)。
77	ネメシスが攫われた経緯…未来にてミロクに攫われ、異次元に送られてフェンリルに捕らわれた(GB)⇒革命軍の先発隊として異次元に行ったのち、単独行動中にフェンリルに攫われた(DS)。
76	街中に敵が出るケース…メタモルで変装せずに住民と話しかけた場合はもちろんだが、屋内屋外/変装の有無問わず通常エンカウントで雑魚敵も襲ってくる(GB)⇒メタモルで変装せずに住民と話しかけた場合しか戦闘にならず、通常の雑魚敵は一切登場しない(DS)。
75	炎の盾・アイスシールドの耐性…相反する属性(炎⇔冷気)を防ぐ、サガ2に準拠した仕様(GB)⇒同じ属性を防ぐ、サガ1に準拠した仕様(DS)
74	キナイア⇔ポートルの定期船出港条件…ステスロス2号機入手(GB)⇒ポートルでディオール加入(DS)。
73	ステスロスの搭乗口…海上や山の上など徒歩で歩けない場所を飛行していなければ、どんな時でも利用可能(GB)⇒神殿に設置されている最中のみ利用可能(DS)。 なお、DS版でいったん発進した後に降りるには、ステスロスに乗ったまま発進して、ワールドマップ上でYボタンを押せば良い。
72	同一のダンジョンについて…時代が違っても同じものとして扱われ、出現する敵や宝箱回収状況も同じ(GB)⇒同じ名前の違うダンジョンとして扱われ、出現する敵も宝箱も全て異なる(DS)
71	武器属性の軽減について…○ダメージ(GB)⇒○武器防御/○武器防壁/◎武器防壁/◎武器防御(DS)
70	◯変化について…火・水・雷・風・土属性を軽減させる(GB)⇒主に肉体的ステータス異常を、すなわちスタン・マヒ・暗闇・毒を防ぐ(DS)
69	モンスター時の装備品…全て無意味(GB)⇒火・水・闇・風耐性のみ機能する(DS)
68	>13に補足:武器と盾は1個ずつの装備で戦闘中に入れ替え可能(GB)⇒武器と盾は合計6つまで装備できるが、戦闘中の入れ替えは不可能(DS)
67	盾に関して…他の防具と同じく基本的に防御力を高める装備(GB)⇒メカやサイボーグを除けば防御力上昇効果はなく、戦闘中に使うことで回避やバリア効果を持つ装備(DS)
66	耐性・弱点による補正について…相手の防御力を加味する前に判定(GB)⇒相手の防御力を加味してから判定(DS)。
65	テレポについて…通常の魔法として修得・戦闘中に即死攻撃も可能(GB)⇒消費アイテムとして登場、戦闘中は使用不可能、販売も道具屋(DS)
64	クリティカルに関して…バトル現象として登場、一定確率で発生し、ダメージ倍率2倍として扱う(GB)⇒バトル現象としてはステスロス砲のみに存在(通常よりダメージアップ)、ほかは特殊能力として登場となり剣系モンスターが使用可能・通常の物理攻撃扱い(DS)
63	出現する敵について…同じ世界でもストーリーが進むと変化する場所がある(GB)⇒同じ場所なら出現する敵が変わることは無い(DS)
62	ソール戦からラグナ戦へ移り変わる条件…4ターン目以降、1ターン内で与えたダメージが1000〜59999になった場合(GB)⇒6ターン経過で強制的(DS)
61	所持金上限額…999,999ケロ(GB)⇒9,999,999ケロ(DS)
60	宿の宿泊料金に関して…減った分のHP・MPをそれぞれ1ポイントにつき1ケロで換算(GB)⇒減った分のHPをそれぞれ1ポイントにつき1ケロで換算、特殊能力の使用回数回復は無料(DS)
59	ステスロス砲の種類…波動砲・メーザー砲・タキオン砲・メビウス砲(GB)⇒レーザー・スタックレーザー・強化システム・バリアシステム(DS)
57	先制攻撃に関して…味方と敵のレベル差で発生(GB)⇒バックアタック・サイドアタック・各種特性で発生(DS)
56	魔法石の合成に関して(その2)…炎・水・風・大地は古魔法に、闇・光は武具に対応(GB)⇒全種類が同じ使い方を可能としており、出来上がるアイテムのカテゴリも千差万別(DS)
55	魔法石の合成に関して…1つ目と2つ目の組み合わせを逆にして試すと何も作れない(GB)⇒1つ目と2つ目の組み合わせを逆にすると出来上がる物が異なる(DS)
54	魔法カテゴリ…白・黒・古(GB)⇒火・水・土・風・闇・古・回復・再生・強化(DS)
53	耐性と弱点が重複した場合…耐性が優先され、弱点はかき消される(GB)⇒耐性と弱点の両方のダメージ倍率を掛け合わせる(DS)
52	弱点属性を突いた場合のダメージ倍率…2倍(GB)⇒1.5倍(DS)
51	攻撃属性に関して…冷気・地震・炎・竜巻・稲妻※・聖・ダメージ(GB)⇒水・土・炎・風・闇・聖(DS) （※冷気+竜巻の複合属性）
50	機械種族に関して…ロボットの名前で登場、成長アイテム「P」を使う事で一定量まで能力値を上乗せ可能、サガ1の人間に近い(GB)⇒メカの名前で登場、装備品によって能力値を補強、サガ2のメカに近い(DS)
49	HP表記に関して…表示上は999までだが内部では本来の値に処理されている(GB)⇒そもそも999を超えても通常通り表示(DS)
48	メカやサイボーグの防具性能に関して…他種族の防具性能に加えて独自の能力値ボーナスを上乗せ(GB)⇒他種族とは異なる独自の能力値ボーナスのみ(DS)
47	魔法所持数に関して…3種類×8Lv(GB)⇒魔法レベル撤廃、魔法辞典を6つまで装備可能(DS)
46	特殊能力に関して…使用回数制限は無い(GB)⇒全て使用回数制限がつき、残り回数の回復には宿泊やそれに順ずるランクの回復手段が必要(DS)
45	武器に関して…重火器を除いて使用回数制限は無い(GB)⇒全ての武器系統に使用回数制限がついたが、残り回数0になっても壊れる事はなく、回数回復にはリチャージが必要(DS)
44	ベリアル・パゴスの倒す順番…自由(GB)⇒左記の順番限定(DS)
43	旅立ちの際にギルから渡される物…レーダー（GB）→タイムズ・ギア（DS）。 （Ｍ１号）
42	ステスロスのワープ機能…ワープ装置を指定して移動(GB)⇒行きたい時代を選択して移動(DS)
41	時空ワープをセットした直後に異次元に到着…時空ワープが破損して、他のワープ装置は使用不能(GB)⇒全てのワープ装置が破損(DS)
40	>9に便乗、魔法に関して…覚えて使う以外に武器や防具をアイテムとして使う事で何回でも使用可能(GB)⇒魔法辞典以外に特殊能力でも使用可能で、他には消費アイテムでの発動が可能(DS)
39	結界発生装置の設定について…聖剣から完全に身を守る(GB)⇒ダメージは通常通り受けるが最終的に倒されない状態になる(DS)。
38	ステスロス発進後の神殿に関して…過去・現在ではそのまま、未来では爆破された(GB)⇒全ての時代で神殿自体はそのままだが、ステスロスも全ての時代で飛び立っている(DS)。
36	時空ワープで異次元に行った時の到着先…ダリウスの町(GB)⇒ハーミットの村(DS)。
35	逃げられない戦闘で逃げようとした場合、1ターン無駄になり敵から一方的に攻撃される(GB)⇒逃げるコマンド自体がキャンセルさせられるだけ(DS)。
34	戦闘後も持続するステータス異常…石化(GB)⇒石化・呪い・暗闇(DS)。
33	沈黙に関して…魔法のみ使用不能(GB)⇒魔法辞典と魔法系の特殊能力が使用不能(DS)。
32	キャラの性別によるモンスター変化の制限…特になし（GB）→男ロボ系/女ロボ系、蛇系/蛇女系など、一部のモンスターはキャラクターのデフォルトの性別で変化が制限されるものがある（DS）。さすがにイベントに関わる都合上、食肉で勝手に性転換されるとマズイのか…。ともかく、モンスターノートコンプのさいには気をつけたいことではある。 （Ｍ１号）
31	現代・南の塔の鍵を手に入れるにあたって…クロノスがアシュラの手下達の隙を突いて合鍵を作製（ＧＢ）→ワンダラーがまるでこの事態を見越していたかのように南の塔の鍵をクロノスに渡す（DS）。こうした些細なイベントからもワンダラーに対しての不審な部分が見えてくる。 （Ｍ１号）
30	ラグナ撃退後について（2）…自動的にイベントが進みスタッフロールへ（GB）→スタッフロール前に、バイパーの都市の革命軍基地でメニューを開ける（ただしセーブはできない）（DS）。DS版ではこちらもメニューが開けなければ、ある重大な戦いに備えての準備ができないからだろう。ラグナ戦で消耗した武器の使用回数などは自動的にリチャージされているので、後悔のないように装備を再編しておこう。 （Ｍ１号）
29	ジュピターが倒された理由…フェンリルと戦って敗れ、脳だけの存在になってしまった（GB）→ボラージュと二人でフェンリルと戦っている最中、何者かに背後から不意打ちされて倒された（DS） （Ｍ１号）
28	>24　ディオールの一度目の助かり方が、瀕死から手術で完治したGB版と、サイボーグ手術で一命を取り留めたDS版という違いがあるので、元を辿ると「ボルフェスの手術が万能ではなくなった」影響が大きいと思われます。しかも、ジュピターに関しては、特定のエンディングでとんでもない事実が明らかにされます。さすがにあのストーリーで「脳」はないかと…。
27	ステスロスの結末について…水がめから脱出した際に墜落して大破(GB)⇒水がめから無事に帰ってきたが、これからの未来には必要ない力なので破壊しようとボラージュが提案(DS)。
26	ラグナ撃退後について…変身していた場合は解除される(GB)⇒解除されずそのまま(DS)。DS版では解除されては困る。なぜならば………!!!
24	＞１８＆２１：NDS版は表現がヌルくなってるんですね…、海外で訴えられるのを防ぐためでしょうか？ （Kenzi）
23	ディオール&ネメシスの幼い（現在時の）姿と、フレイアの未来の姿がNDS版にて追加された（オリジナルのGB版ではディオール&ネメシスの幼少時は一般キャラの使い回しで、フレイアは行方すら語られなかった）。 （Kenzi）
22	6種（炎・水・風・土・光・闇）の石について…炎・水・風・土の石はシャルルに合成してもらい古魔法に、光・闇の石はまさむねかズガウバに合成してもらい武器や防具にする（GB）→6種の石は乗組員が全員揃ったら賢者エリアの合成マシンで武器・防具・魔法辞典・消費アイテムなどに合成可能（DS） （Ｍ１号）
21	ステスロス2号機に使われているもの…ジュピターの脳（GB）→ジュピターの体（DS） （Ｍ１号）
20	>15 旧作では属性は「土」ではなく「地」でした。ついでに補足…肉・パーツの食い合わせで属性は変わる（GB）→モンスター以外の時は初期属性で固定（DS） （急行デューン号）
19	ディオールについて(2)…ミロクに単身挑んだ際、マシンガンで撃たれてあわや瀕死寸前の重体に(GB)⇒ミロクに単身挑んだ際、戦線離脱するほどの傷を負ったが、何とか立っていられる程度(DS)。
18	ディオールについて…結界発生装置破壊の際に自爆し、細胞しか残らない（GB）→結界発生装置破壊の際に自爆するが奇跡的に生き残る。しかし負傷が激しいため戦線を離脱（DS） （Ｍ１号）
17	成長方式…経験値を獲得してレベルアップ（GB）→戦闘内で、行った行動により能力が上昇し戦闘中に成長する（DS （Ｍ１号）
15	キャラクターの属性に関して…水・風・土・火の4種類(GB)⇒水・風・土・火・闇・無の6種類(DS)。
14	人間⇔エスパーの管理…キャラごとに固定(GB)⇒食肉で変化可能(DS)。
13	武器…1人1つしか装備できないが兵器以外は使用回数なし（GB）→1人6つまで装備できるが使用回数が全ての武器にある。ただし町のリチャージ屋で有料で使用回数を回復可能（DS） （Ｍ１号）
11	ワールドマップについて…徒歩で移動可能、敵が出現する(GB)⇒大まかな地域移動のためのマップなので敵は出ず、徒歩の場合はルート移動(DS)。
10	ムオン・サモン・メタモルについて…古魔法の一種として習得可能（GB）→イベントアイテム扱いで、使うべき状況で自動的に使われるか任意で使うかどうかを選択する（DS） （Ｍ１号）
9	魔法について…魔法屋で魔法を購入、あるいは合成で作り出す（GB）→魔法屋で魔法辞典を購入し、熟練度を上げ新しい魔法を習得（ただしエスパーのみ）（DS） （Ｍ１号）
8	浮遊大陸について…ミロク撃破後には入れなくなる（GB）→ミロク撃破後でもシェルターでパルサー博士に話し掛ければ再び行ける（NDS） （Ｍ１号）
7	次元ワープについて…異次元到達後はサガ世界に戻れない（GB）→異次元到達後、ステスロス2号機入手後に再びサガ世界にワープできるようになる（DS） （Ｍ１号）
6	1度に出現できる敵の総数の上限…10体(GB)⇒戦闘フィールド限定なら6体(DS)。
5	ステスロス砲に関して…戦闘突入時に自動発射(GB)⇒自発的にリモコンで発射(DS)。
4	ステスロスが飛行できる時代範囲…未来+異次元(GB)⇒全て(DS)。
3	モンスターなどの個体に関して…人間とエスパー以外の全てにそれぞれ個体が存在する(GB)⇒個体が存在するのはモンスターのみで、機械類の個体もモンスター扱い・ただしメカとは別種(DS)
2	NPCに関して…能力値が成長せず、追加装備のみ可能(GB)⇒成長はするが、追加装備は不可能(DS)。
1	GBの『時空の覇者 Sa・Ga3 [完結編]』と、大幅リメイクされたNDSの『サガ3時空の覇者 Shadow or Light』の違いを挙げる項目です。